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NOAA研究人員構(gòu)建了白鯨血液轉(zhuǎn)錄組
行業(yè)新聞 2018-12-12

     評(píng)估海洋哺乳動(dòng)物哨兵物種的健康狀況對(duì)于了解環(huán)境擾動(dòng)對(duì)海洋生態(tài)系統(tǒng)和人類健康的影響至關(guān)重要。在北極地區(qū),白鯨(Delphinapterus leucas)是高等級(jí)捕食者,可能作為哨兵物種,可能預(yù)測對(duì)人類健康的影響。雖然血液轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá)譜已被廣泛用于評(píng)估人類和獸醫(yī)的健康狀況和環(huán)境暴露,但由于缺乏可用的基因組和基線數(shù)據(jù),其在野生動(dòng)物中的應(yīng)用受到限制。


轉(zhuǎn)錄組


      為此,國家沿海海洋科學(xué)中心的研究人員在2012 - 2014年期間,在健康的布里斯托爾灣,AK庫存的年度健康評(píng)估期間收集的樣本中構(gòu)建了一個(gè)白鯨鯨血液轉(zhuǎn)錄組,以建立白鯨血液轉(zhuǎn)錄組的含量和變異的基線信息。來自白鯨的Trinity轉(zhuǎn)錄組裝配由91,325個(gè)轉(zhuǎn)錄本組成,代表了廣泛的細(xì)胞功能和過程,其內(nèi)容與另一種鯨類海豚的血液轉(zhuǎn)錄組非常相似。白鯨(25%TPM,每百萬轉(zhuǎn)錄本)的血紅蛋白轉(zhuǎn)錄物表達(dá)低于許多其他哺乳動(dòng)物。已鑒定出白鯨的HBB序列中的T12A氨基酸取代,但不是寬吻海豚,并且可能在低溫適應(yīng)中起作用。


      白癜風(fēng)血液轉(zhuǎn)錄組在性別和年份之間比較穩(wěn)定,通過主成分分析沒有明顯的樣本聚類,<4%的基因差異表達(dá)(ebseq,fdr>


轉(zhuǎn)錄組


      本研究提供了大量關(guān)于白鯨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù),并提供了大量初步數(shù)據(jù),以便與白鯨的其他研究進(jìn)行比較。4%的基因差異表達(dá)(EBseq,F(xiàn)DR<0.05)。雖然需要建立季節(jié),性成熟,疾病和地理對(duì)白鯨血液轉(zhuǎn)錄組的影響,但涉及壓力,解毒和免疫功能的轉(zhuǎn)錄物的存在表明血液基因表達(dá)分析可提供有關(guān)健康狀況和暴露的信息。本研究提供了大量關(guān)于白鯨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù),并提供了大量初步數(shù)據(jù),以便與白鯨的其他研究進(jìn)行比較。和免疫功能表明,血液基因表達(dá)分析可以提供有關(guān)健康狀況和暴露的信息。本研究提供了大量關(guān)于白鯨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù),并提供了大量初步數(shù)據(jù),以便與白鯨的其他研究進(jìn)行比較。和免疫功能表明,血液基因表達(dá)分析可以提供有關(guān)健康狀況和暴露的信息。


     本研究提供了大量關(guān)于白鯨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù),并提供了大量初步數(shù)據(jù),以便與白鯨的其他研究進(jìn)行比較。


       文章內(nèi)容摘自網(wǎng)絡(luò)。


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