由于細胞類群是異質的，即使是來源相同的單個細胞，也會由于一些原因彼此存在差異化，但細胞都是由遺傳物質的載體，對于單個細胞間的基因組和轉錄組的差異化展現(xiàn)，單細胞測序就是觀測單個細胞間基因組和轉錄組差異化的強大技術手段之一。

　　單細胞懸液制備儀對生物細胞的測序中，可以選擇不同的讀長、單端或雙端測序；由于對樣本檢測目的不同，數(shù)據(jù)分析、策略和方法也不同。

　　單細胞測序通常可以分為DNA測序和RNA測序兩大類。DNA測序主要是通過用高通量測序觀察基因組DNA水平的各種變化，包括從染色體到Kb片段等的復制數(shù)量的擴大或缺失，以及點突變（SNP）、整合、重組等；RNA測序主要是通過觀察MRNA轉錄組水平的變化，包括各類基因表達產(chǎn)物的剪接狀況及其各種剪接體的相對比例和數(shù)量等。

　　單細胞測序技術應用的流程大致包括；對單細胞的選取，可以在顯微鏡下手動操作單細胞的選擇，也可使用自動分選儀器來進行選擇；同時細胞裂解和DNA擴增，在細胞擴增之前，RNA測序應該有一個逆轉錄的過程；可以用各種方法來擴大生物細胞的建庫，擴增產(chǎn)物的建庫，建庫步驟也可與之前的DNA擴展步驟相結合操作。

　　兩種單細胞測序方法應用的主要區(qū)別在于；RNA測序在細胞裂解后，DNA擴增前增加了一個逆轉錄步驟，需先將mRNA轉化為cDNA，后續(xù)再進行擴增、建庫、測序等步驟。根據(jù)樣本不同的應用目的，實驗數(shù)據(jù)分析的步驟也不同。