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轉(zhuǎn)錄組測序-毛白楊
行業(yè)新聞 2020-01-07

  2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系統(tǒng),這是一套分子條形碼和分析系統(tǒng),由儀器、試劑盒和信息學軟件組成,能夠?qū)覫llumina測序儀。

  木材形成影響木材的化學和物理性質(zhì),因此影響其作為建筑材料或生物燃料,紙漿和紙的原料的效用。為了獲得基因組范圍內(nèi)對木材形成中轉(zhuǎn)錄組測序變化和調(diào)控網(wǎng)絡的見解,北京林業(yè)大學的研究人員使用高通量RNA測序來表征來自張力木(TW),木材(OW)和成熟木質(zhì)部的成熟木質(zhì)部的cDNA文庫。普通木材(NW),在工業(yè)樹種毛白楊(Populus tomentosa)中。

轉(zhuǎn)錄組測序

  它們的測序產(chǎn)生140,978,316(TW),128,972,228(OW)和117,672,362(NW)讀數(shù),對應于10,127(TW),10,129(OW)和10,129(NW)獨特基因。其中,361個基因在TW和OW之間差異轉(zhuǎn)錄(log2FC&ge;1或&le;-1,F(xiàn)DR<0.05),ow和nw之間差異為2,658,tw和nw之間差異為2,417。這表明nw與樹枝中的木材明顯不同; go="">

  基于不同基因的共表達模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡,包括TF。他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。表明不同木材類型的TF豐度差異顯著,可能在反應木材的形成中起重要作用。此外,與TW相比,參與木質(zhì)素生物合成的大多數(shù)基因的轉(zhuǎn)錄物在OW中更豐富,這與OW的較高木質(zhì)素含量一致?;诓煌虻墓脖磉_模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡,包括TF。他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。表明不同木材類型的TF豐度差異顯著,可能在反應木材的形成中起重要作用。

  此外,與TW相比,參與木質(zhì)素生物合成的大多數(shù)基因的轉(zhuǎn)錄物在OW中更豐富,這與OW的較高木質(zhì)素含量一致?;诓煌虻墓脖磉_模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡,包括TF。他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。基于不同基因的共表達模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組測序網(wǎng)絡,包括TF。他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。基于不同基因的共表達模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡,包括TF。他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因?! ?/p>

轉(zhuǎn)錄組測序

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